Il ripristino naturalistico ha consentito il ripopolamento dell'originaria flora e fauna che un tempo dominavano questo piccolo ecosistema; nelle diverse stagioni dell'anno sono oramai ospiti fissi molte specie di uccelli migratori tra cui i famosi fenicotteri rosa diventati oramai l'emblema della Riserva.

La Salina dei Monaci, è un ottimo luogo per praticare il birdwatching. È zona di sosta dei fenicotteri rosa (Phoenicopterus roseus) durante le fasi di migrazione. Altri uccelli migratori frequentano la zona come i germani reali, gli storni, le gru, i cigni e le oche selvatiche. Presente anche il poco comune cavaliere d'italia. Uccelli tipici della zona sono anche l'airone rosso e l'airone bianco, l'avvoltoio capovaccaio, il picchio, il pettirosso, il martin pescatore, la capinera, lo scricciolo, l'usignolo, la gazza, il corvo ed il merlo. Molto ampia la gamma di specie di anfibi come la raganella italiana, il rospo comune, e il tritone italico. I rettili più comuni invece sono la tartaruga di terra e d'acqua dolce, la biscia dal collare, il biacco, il cervone e il colubro leopardino. I mammiferi sono anch'essi molto numerosi, soprattutto animali adattabili come lo scoiattolo, il topo quercino e il topo campestre. Molto frequente il riccio, e la più grande istrice, oltre a lepri, conigli selvatici, gatti selvatici, volpi, tassi, faine e cinghiali. Molto numerosi sono anche le specie di uccelli rapaci come il barbagianni, la civetta e il gufo comune, che agiscono di notte, e la poiana, il falco pescatore, l'albanella, il nibbio bruno, il biancone, il falcone pellegrino e il gheppio.

Tipica della salina dei Monaci è la presenza di salicornieti, costituiti da vegetali alofili. La macchia mediterranea è data dall'associazione di specie arbustive basse: Calicotome infesta, ginestra spinosa (Cistus creticus), Cistus salvifolius, Cistus monspeliensis, lentisco (Pistacia lentiscus), mirto (Myrtus communis), fillirea (Phillyrea latifolia).